Tài nguyên đất

Tài nguyên đất ở huyện về nguồn gốc phát sinh phân ra thành 2 hệ đất chính, đó là hệ đất phù sa do sông Chảy bồi đắp và hệ đất Feralit phát triển trên nền địa chất đa dạng của địa hình đồi núi.

Tài nguyên rừng

Trước đây, ở Lục Yên diện tích rừng tự nhiên khá rộng với nhiều loại gỗ quí như lát hoa, sến, táu, chò chỉ...và bạt ngàn tre nứa. Thú quí có hổ, gấu, lợn rừng, cầy hương, nai, hoẵng

Tài nguyên nước

Chế độ thủy văn của huyện khá phong phú nhờ hệ thống sông, suối, ngòi phân bổ đều, nguồn nước dồi dào phục vụ nhu cầu đời sống sinh hoạt và nhiều ngành kinh tế quốc dân, có tiềm năng thủy lợi, thủy điện...

Tài nguyên khoáng sản

Tài nguyên, khoáng sản cũng là một trong những tiềm năng, thế mạnh của huyện. Về khoáng sản quý có pirit, phôtphorit, đá quy, than đã được xác định trữ lượng và bước đầu đi vào khai thác.